Según testimonios y material gráfico difundido en redes sociales, hay un manejo inadecuado de los restos de los animales fallecidos en el lugar, por lo que se pide la intervención de la Procuraduría Federal de Protección al Ambiente (Profepa).
La existencia de una fosa común dentro del zoológico, donde se arrojan los cuerpos de los animales muertos sin ningún tipo de protocolo adecuado ha sido denunciada en redes sociales.
De acuerdo con denuncias, algunos cadáveres son congelados antes de ser desechados, mientras que otros son arrojados directamente a la fosa sin un tratamiento sanitario previo, lo que representa un grave riesgo ambiental y de salud pública.
En las imágenes difundidas, se observan patos sumergidos en agua, cabezas de animales en congeladores, especies en costales y pieles de cebra preservadas con sal.

El zoológico no cuenta con un crematorio para la incineración de los cuerpos. En la fosa común se echa cal para evitar la propagación de bacterias y malos olores; sin embargo, el uso de este método debe ser revisado por la Profepa.
Además de la gestión inadecuada de los restos animales, diversas especies en el zoológico han sido vistas en condiciones no adecuadas, ya que hay espacios reducidos, falta de agua en los bebederos y suciedad en los recintos, lo que ha sido documentado en imágenes.
Ejemplares como los lémures de cola anillada han sido observados en áreas sin sombra ni vegetación adecuada, lo cual impacta directamente en su bienestar.
Se ha reportado también la falta de mantenimiento en señalética y letreros descriptivos de las especies, lo que deja en el abandono informativo a los visitantes.

En diciembre de 2022, la presidenta del Sistema Estatal para el Desarrollo Integral de la Familia (Sedif), Sara Hernández de Monreal, anunció una inversión de 90 millones de pesos para ampliar y mejorar el zoológico.
Hasta la fecha, sin embargo, no se han observado avances significativos en infraestructura o en las condiciones de los animales, lo que ha generado dudas sobre el destino de estos recursos.
El zoológico La Encantada, que alberga cerca de 50 especies en una extensión de 5 hectáreas, tiene 4 décadas en funcionamiento. Varias de las especies con las que cuenta fueron recibidas cuando se prohibió el uso de animales en circos o espectáculos.







